En el siglo XIII el budismo desapareció de la India casi por completo, debido a las invasiones de los musulmanes, que destruyeron gran cantidad de monasterios y universidades budistas y masacraron a infinidad de monjes.

También hubo otros factores que contribuyeron a su decadencia. Se había creado un sistema muy centralizado y los enormes complejos monásticos no habían anticipado que serían destruidos por medio de la fuerza. Los monjes dependían del apoyo de poderosos benefactores y habían perdido contacto con la gente de las aldeas. El hinduismo se encontraba profundamente arraigado y pudo soportar mejor la hostilidad de los musulmanes.

En el año 1193, la universidad de Nalanda fue destruida por los musulmanes, lo cual marcó uno de los últimos puntos en la decadencia del Budismo en la India. Sobrevivieron las ruinas que ocupan hoy un área de 150.000 metros cuadrados, espacio en el cual se realizaron sucesivas excavaciones e investigaciones. Según el testimonio de Suan Tsang, esta área sería tan sólo un 10% de la superficie total de Nalanda.

Sin embargo, mucho antes de su desaparición en la India, el budismo se había extendido en diversas direcciones.

En el siglo III antes de nuestra era se había convertido en la religión oficial de Ceilán y, a partir de allí, se había extendido hacia el sur y el este, popularizándose en Tailandia, Birmania, Camboya e Indonesia, en su forma theravada. En la actualidad, el “camino de los mayores” es todavía la principal tradición espiritual de esas regiones.

La rama mahayana se extendió hacia Asia Central, a través de los Himalayas e ingresó al vasto imperio chino. De allí  llegó a Mongolia, Corea, Japón y Vietnam, con lo que se convirtió en la rama más extendida de la tradición.

La propagación de la rama vajrayana siguió un trayecto similar al del mahayana. Alcanzó los Himalayas, el Tíbet, China, Mongolia y Japón, aunque por su avanzada forma esotérica no abarcó tantos adeptos como el mahayana.